Амир Натхо родился в футбольной семье: его отец Адам носил футболку таких клубов, как «Кубань», майкопская «Дружба» и израильский «Хапоэль». Двоюродного брата Бибраса мы все прекрасно знаем по играм за казанский «Рубин», ЦСКА и сборную Израиля. Футбольное образование Натхо-младший начал получать в родном Майкопе, с 12 до 15 лет жил в интернате Академии Коноплёва, но затем вернулся в Адыгею.

В 16 лет Амир дебютировал в чемпионате России, выйдя на матч 2 лиги в составе майкопской «Дружбы». По приглашению Курбана Бердыева он съездит на сборы с «Рубином», но несмотря на серьёзный интерес казанцев, «Краснодара» и ЦСКА останется в Адыгее и сыграет ещё 18 матчей в первенстве 2 лиги. «Считаю, во втором дивизионе, среди мужского коллектива, он быстрее адаптируется к профессиональному футболу, чем среди сверстников в дубле. К тому же у него ещё впереди два класса в школе», — объяснял решение остаться его отец.

С января 2014 Натхо стал тренироваться с «Барселоной», но лишь по достижении совершеннолетия (9 июля) заключил контракт с сине-гранатовыми. Каталонцам игрока предложил бывший футболист «Барселоны» из 90-х Игорь Корнеев, он же помог освоиться Амиру в Испании, став для него на первое время переводчиком.

На самом деле в Каталонии Натхо не смог пробиться даже в «Барселону В». Амир играл в Barcelona FC Juvenil A (до 19 лет), то есть третья команда в иерархии «Больше чем клуба». Дебют у Натхо выдался отличным – в трёх из первых четырёх матчей за Juvenil A Амир не уходил с поля без гола. Однако после перевода тренера Жорди Виньялса в «Барселону В» игровое время Натхо-младшего резко сократилось. Новый наставник Juvenil A Франсеск Пимьента сделал ставку на других исполнителей, а Натхо, порой, даже не попадал в заявку. По достижении 19 лет Амир должен был покинуть команду, но для «Барселоны В» (куда ежегодно в среднем переводятся всего 5-7 лучших футболистов из Juvenil A) он не подошёл.

По сообщениям отца футболиста Адама Натхо, его сыном интересовались клубы из Испании и Германии, но Леонид Слуцкий оказался настойчивее. После «Барселоны» Амир вернулся в Россию, присоединившись к брату в составе московского ЦСКА. Интересно, что селекционный отдел «армейцев» вёл Натхо-младшего с 13 лет.

«Полузащитник с роскошной левой ногой и мягкой работой с мячом способен сыграть на четырех позициях в средней линии (кроме опорника). Не удивлюсь, если, учитывая недобор основной обоймы, ему будет представлен шанс выйти на поле уже в этом сезоне», — вот как описывал юного хавбека в своей колонке для «Спорт-Экспресса» стратегический консультант Алексей Зинин.

В ЦСКА младший Натхо провёл единственный матч на кубок против «Байкала». Об игре за основу «армейцев» речи даже не шло – Натхо тренировался с ними, но, по признаниям очевидцев, едва тянул уровень второй команды. Даже конкурировать с Александром Головиным Амиру Натхо оказалось не под силу, что уж говорить о Ерёменко, Дзагоеве, Миланове и остальных. В молодёжной составе Амир провёл всего лишь 14 матчей и забил 2 гола (1 с пенальти), но продолжать играть дальше в молодёжке он не захотел.

«Вот многие говорили, что в ЦСКА пришел игрок «Барселоны», а ничего особенного не показывает. Но, поверьте, мы трезво смотрели на вещи, понимали, что к нам приходит игрок юношеской команды испанского чемпионата», — рассказывал начальник селекционного отдела ЦСКА Олег Яровинский. Агент игрок Леонид Истрати, который при любом удобном случае пиарил своего клиента в прессе, посетовал, что у Амира не сложились отношения с тренером дубля ЦСКА, но Яровинский отверг эти обвинения.

Летом 2016 агент футболист Леонид Истрати пытался пристроить своего клиента в «Спартак», но Амир не прошёл просмотр. Новым клубом Амира Натхо стал ФК «Краснодар», вернее его вторая команда.

Круг замкнулся. Спустя 2 года, Натхо-младший вернулся во 2 лигу зону Юг.